生物化学(第4版)(全国高等学历继续教育“十三五”(临床专科)规划教材)
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第三节 RNA的结构与功能

RNA在生命活动中同样占有重要地位,主要参与基因的表达和基因表达的调控。RNA通常以单链形式存在,但也有复杂的局部二级结构或三级结构。RNA分子比DNA分子小得多,小的由数十个核苷酸,大的由数千个核苷酸组成。RNA的功能多样,所以它的种类、大小和结构都比DNA多样化。
RNA主要分为三种,即信使RNA(messenger RNA,mRNA),转运 RNA(transfer RNA,tRNA),核糖体RNA(ribosomal RNA,rRNA)。此外,在细胞内还有其他的一些小分子RNA存在。不均一核RNA(hnRNA)是成熟mRNA的前身物质。核内小RNA(snRNA)的功能是参与hnRNA的剪接、转运过程。胞质小RNA(scRNA)又称为7SL-RNA,则是蛋白质内质网定位合成的信号识别体的组成成分。

一、信使RNA的结构与功能

mRNA可从DNA转录遗传信息,并作为模板指导蛋白质的合成,它相当于传递遗传信息的信使,其名字由此而来,DNA决定蛋白质合成的作用正是通过这类特殊的RNA实现的。
mRNA含量最少,仅约占总量的3%,但作为不同蛋白质合成模板的mRNA,种类却最多,其一级结构差异很大,主要是由其转录的模板DNA区段大小及转录后的剪接方式决定的。mRNA分子的大小亦决定了它要翻译出的蛋白质的大小。在各种RNA分子中,mRNA的半衰期最短,从几分钟至数小时不等。
在真核生物细胞核中,最初转录生成的RNA初级产物称为hnRNA,然而在细胞质中起作用、作为蛋白质合成的氨基酸序列模板的是mRNA。hnRNA是mRNA的未成熟前体,经过剪接加工成为成熟的mRNA,并依靠特殊的机制转运到细胞质中(详见第十一章)。成熟的mRNA分子具有以下结构特点(图 2-10)。
图2-10 真核生物成熟mRNA结构示意图
1.5′-端帽结构
在hnRNA转变为mRNA的过程中,5′-端被加上一个甲基化的鸟嘌呤核苷三磷酸,这种m 7Gppp结构被称为“帽”结构(图2-11)。原核生物的mRNA没有这种特殊的结构。在原始转录产物的第一、二个核苷酸中戊糖C-2′通常也会被甲基化,由此产生数种不同的帽结构。mRNA的帽结构可与一类称为帽结合蛋白的分子结合形成复合体。帽子结构对于mRNA从细胞核向细胞质的转运、与核糖体的结合、翻译的起始和mRNA稳定性的维持等均起到重要作用。
2.3′-端多聚腺苷酸尾巴
多聚腺苷酸(polyA)尾巴是在mRNA转录完成之后逐个添加上去的,一般由80~250个腺苷酸连接而成。mRNA的polyA尾与polyA结合蛋白在细胞内结合存在,每10~20个腺苷酸结合一个polyA结合蛋白单体。随着mRNA存在时间的延长,polyA尾会慢慢变短。目前认为,这种3′-结构可能与mRNA从细胞核向细胞质的转运、转录活性的增加和mRNA稳定性维系有关。原核生物的mRNA没有这些特殊的结构。
3.编码区和非编码区
mRNA分子中的序列按其功能分为编码区与非编码区。从成熟mRNA的5′-端起的第一个AUG(即为起始密码子)至终止密码子之间的核苷酸序列称为开放读框,即编码区,决定多肽链的氨基酸序列。开放读框内每3个相邻的核苷酸为一组,决定多肽链上的一个氨基酸,称为三联体密码。开放读框两侧,还有非编码序列(untranslated region,UTR),分别称作 5′-UTR 和 3′-UTR。

二、转运RNA的结构与功能

tRNA的功能是在蛋白质合成过程中作为各种氨基酸的载体,在mRNA的遗传密码指引下将氨基酸转运至核糖体上进行蛋白质合成。tRNA是细胞内分子量最小的一类核酸,有100多种,由74~95个核苷酸构成,占细胞总RNA的15%。各种tRNA在结构上均有以下一些共同特点。
1.一级结构特点
tRNA中含有10%~20%的稀有碱基,包括甲基化的嘌呤 mG、 mA,双氢尿嘧啶(DHU)、次黄嘌呤、假尿嘧啶核苷等,这些稀有碱基均是转录后修饰而成的。tRNA的3′-端最后3个核苷酸均为CCA-OH,tRNA所转运的氨基酸就连接在此末端上。
2.二级结构特点
tRNA分子的一些核苷酸序列能够通过碱基互补配对形成多处局部的双链。这些双链结构呈茎状,其他不配对的区带构成所谓的环和袢,称为茎环结构或是发夹结构,使得整个tRNA分子形成三叶草形(cloverleaf pattern)的二级结构。位于两侧的发夹结构根据其含有的稀有碱基分别称为DHU环和TΨC环,位于下方的为反密码子环,其环中部的三个碱基可以与mRNA中的三联体密码子形成碱基互补配对,构成所谓的反密码子(anticodon)。在反密码子环与TΨC环之间,往往存在一个额外环,由数个乃至二十余个核苷酸组成(图2-11A)。
3.三级结构特点
tRNA的共同三级结构呈倒L形(图2-11B)。在倒L形结构中,3′CCA-OH末端的氨基酸臂位于一端,反密码子环位于另一端,而DHU环和TΨC环虽在二级结构上各处一方,但在三级结构上却相距很近。各种tRNA分子的核苷酸序列和长度虽然有差异,但其三级结构均相似,提示这种空间结构与tRNA的功能有密切关系。
图2-11 tRNA的二级结构和三级结构
A.tRNA的“三叶草形”二级结构;B.tRNA的“倒L形”三级结构

三、核糖体RNA的结构与功能

rRNA是细胞内含量最多的RNA,约占总RNA量的80%以上。rRNA与核糖体蛋白共同构成核糖体(ribosome),是细胞内蛋白质合成的场所。原核生物和真核生物的核糖体均由易于解聚的大、小两个亚基组成。
原核生物有3种rRNA,依照分子量的大小分为5S、16S、23S(S是大分子物质在超速离心沉降中的一个物理学单位,可间接反映分子量的大小)。它们分别与不同的核糖体蛋白分别形成了核糖体的小亚基和大亚基。真核生物的4种rRNA也以同样的方式构成了核糖体的小亚基和大亚基(表2-2)。
第2-2 核糖体的组成
根据各种rRNA的碱基序列测定结果,推测出了它们的空间结构,如真核生物的18SrRNA的二级结构呈花状,众多的茎环结构为核糖体蛋白的组装和结合提供了结构基础(图2-12)。原核生物的16SrRNA的二级结构也非常相似。
图2-12 真核生物18S rRNA的二级结构
除了上述三种RNA外,真核生物中还存在着其他的非编码RNA。非编码RNA是一类具有重要生物学功能但不编码蛋白质的RNA分子,可分为长链非编码RNA和短链非编码RNA。长链非编码 RNA(long noncoding RNA,lncRNA)是指长度大于200nt的非编码 RNA,短链非编码RNA的长度一般小于200nt。它们参与转录的调控、mRNA的稳定和翻译调控、RNA的剪切和修饰、染色体的形成和结构稳定、蛋白质的稳定和转运等细胞的重要功能,进而调控胚胎发育、器官形成、组织分化等基本的生命活动,还可调控某些疾病(如神经系统疾病、肿瘤等)的发生和发展过程。
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肿瘤转移可严重影响肿瘤患者的预后。长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)在肿瘤的发生、发展和转移过程中发挥重要的调控功能。最新的研究表明,lncRNA能够有效地调控肿瘤细胞和微环境间的作用,从而影响肿瘤的发生、发展和转移,有望在临床治疗中成为新型的肿瘤标志物从而发挥重要作用。近几年来,有关lncRNA的分子作用机制研究逐渐清晰,人们对发病较高的乳腺癌、肝癌、前列腺癌及肺癌中表达差异的lncRNA进行深入的探索,为未来肿瘤的诊断和治疗提供了非常有价值的科学依据。